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コマンドやアプリケーションを root権限で起動するには、「rootユーザになるには」のようにgnome-terminalなどの端末で su -コマンドで rootユーザになったうえで、コマンドを入力してアプリケーションを起動します。
また、suコマンドの -c というオプションを利用することで実行するコマンドを指定することもできます。
$ su - root -c "apt-get update"
パスワード(P):
この場合も root というユーザー名を省略して次のようにすることができます。
$ su - -c "apt-get update"
-c オプションでコマンドを指定して実行した場合は、そのコマンドが終了するともとの一般ユーザーに戻ります。
synaptic などのように、root権限を必要とするアプリケーションは、コマンドで起動したり、GNOME Panel などのメニューから選択して起動するだけで、rootのパスワードの入力を求めるウィンドウが開くものがあります。
また、次のようにしてアプリケーションを起動することもできます。
GNOME Panel のメニューの →→ を選択します。
$ gksuexec
のようにコマンドを入力しても起動できます。
プログラムの実行というウィンドウが開くので 実行するコマンド と 実行するユーザ名 を入力します。
をクリックすると、実行するユーザ名で指定したユーザのパスワードの入力を求められるので、パスワードを入力すると、そのユーザの権限でアプリケーションを起動することができます。
実行するユーザ名の部分に root と入力することで root権限でアプリケーションを起動できます。
gksuexec を利用して gnome-terminal などのような端末を起動する場合には、 をクリックし、ユーザの変更時に使用するオプションの ログインシェル(L) にチェックをつけるとよいでしょう。
「ログインシェル」という言葉については、jman su を参照しておいてください。